Desventajas de las Bases de Datos

1. Tamaño - Al proveer todas las ventajas anteriomente nombradas, el Sistema de Manejo de Base de Datos (DBMS) requiere de mucho espacio en disco duro y también requiere de mucha memoria principal (RAM) para poder correr adecuadamente.
2. Complejidad - Debido a la cantidad de operaciones y a las capacidades del DBMS,  se convierte en un producto complejo de entender.  Esto requiere que los programadores y los analistas deben tomar cursos que los adiestren para poder comprender las capacidades y limitaciones del DBMS
3. Costo - Los productos de Bases de Datos (Oracle, DB2, Etc.) son productos caros.  Esto sin contar los adiestramientos del personal del centro de cómputos y de los usuarios.  Ejemplo: Explicar el costo envuelto en implantar FRS en la Universidad.
4. Requerimientos adicionales de Equipo - El adquirir un producto de Base de Datos, requiere a su vez adquirir equipo adicional para poder correr ese producto como por ejemplo, servidores, memoria, discos duros, etc. Si se pretende correr la Base de Datos con el mínimo de requerimientos, esta posiblemente se degrada y el "response time" al usuario se va a afectar grandemente.
5. En caso de alla, el impacto es mayor - Si un componente de la Base de Datos sufre un desperfecto, se detiene las operaciones del producto por completo.  En el caso de un ambiente no centralizo en Cobol, el impacto casi siempre afecta al departamento en donde ocurrió el problema únicamente.
6. Complejo el recuperar los datos - En caso de un accidente que corrompa la Base de datos, el proceso de recuperación  y de devolver a  la Base de Datos su estado anterior al problema, es mucho mas complejo de ejecutar que en sistemas tradicionales.
   Fuente:http://www.uprb.edu/profesor/ntorres/base_de_datosventajasdesventajas.htm